繁華大都會美國紐約，神龜時代邪惡領袖施萊德率領的變種大腳幫在城市內為非作歹，甚囂塵上。神龜時代安保公司老板埃裡克·薩克斯（威廉·菲德內爾 William Fichtner 飾）推出最新安保系統，變種發誓維護城市的神龜時代和平。第6頻道女記者愛普爾·奧尼爾（梅根·福克斯 Megan Fox 飾）偶然拍到大腳幫被四名神秘俠客挫敗的變種畫面，在第二次遭遇非常事件時，神龜時代她驚訝地發現四名俠客竟然是變種變異後的巴西龜：拉斐爾、列奧納多、神龜時代米可朗基羅、變種多納泰羅。神龜時代忍者神龜的變種名字勾起瞭愛普爾兒時的記憶，當年她的神龜時代父親與薩克斯正是研究生物變異實驗的夥伴。她將這個消息告訴給薩克斯，變種可是神龜時代在和忍者神龜及其老師斯普林特會面後，才發覺薩克斯與施萊德是這座城市內的罪惡之源…… 本片根據同名經典漫畫改編。
